Eberl a fost considerat candidatul preferat al lui Bayern pentru postul rămas vacant de când Hasan Salihamidzic a fost demis în luna mai. În septembrie, fostul jucător al Salzburgului, Christoph Freund, a preluat funcția de director sportiv la campioana en-titre. Eberl, care acum este gata să urce un nivel superior, și Freund se cunosc din perioada petrecută împreună la RB și din discuțiile de transfer de pe vremea când Eberl era încă la Gladbach și Freund la Salzburg.
Eberl a fost eliberat din funcție de câștigătoarea Cupei DFB, RB Leipzig, la sfârșitul lunii septembrie. El era director general sportiv de la sfârșitul anului 2022.