Lewis Hamilton, da Mercedes, foi o segundo mais rápido, 0,313 mais lento do que o esforço de Verstappen em 1min45s546. Ele ficou entre as Red Bulls depois que Sergio Pérez terminou em terceiro na tabela de tempos.
Verstappen estabeleceu a volta mais rápida bem no final, depois que as bandeiras vermelhas foram acionadas, primeiro para que um fiscal recolhesse detritos na pista e, em seguida, após colisões envolvendo Leclerc e o estreante argentino Franco Colapinto, da Williams.
Leclerc - que fez a pole nos últimos três anos em Baku sem vencer - foi parar no muro na curva 15 quando faltavam 33 minutos para o fim do treino, depois de entrar rápido demais na curva.
“Peguei a sujeira por fora”, disse o vencedor do Grande Prêmio da Itália pelo rádio da equipe, com outras equipes também reclamando que o circuito temporário de rua estava sujo e com pouca aderência.
Colapinto também bateu nas barreiras, na curva 4, faltando 18 minutos para o fim da corrida, com a traseira dando uma volta e batendo no muro.
O argentino estava começando seu segundo fim de semana de corrida depois de substituir o americano Logan Sargeant até o fim da temporada.
A sessão foi retomada faltando 11 minutos para o final e terminou com Verstappen mais rápido, já que a atualização do assoalho da equipe parecia estar valendo a pena, enquanto a Red Bull tentava recuperar sua forma do início da temporada.
Lando Norris, da McLaren, o maior rival de Verstappen pelo título, mas 62 pontos atrás do piloto holandês a oito rodadas do fim, foi o quarto mais rápido, com Carlos Sainz, da Ferrari, em quinto, e Oscar Piastri, da McLaren, em sexto.
Fernando Alonso, da Aston Martin, foi o sétimo mais rápido, com George Russell, da Mercedes, em oitavo e Leclerc em nono, apesar de ter perdido mais da metade da sessão. Daniel Ricciardo, da Racing Bulls, completou o top 10.
O adolescente britânico Oliver Bearman fez sua estreia na Haas como substituto do suspenso Kevin Magnussen, chegando em 11º lugar e 0,162 mais rápido que seu companheiro de equipe Nico Hulkenberg.
Esteban Ocon, da Alpine, relatou uma perda de potência no início da sessão, que foi encerrada mais cedo.