Brazilianul a fost esențial pe flancul stâng pentru catalani, contribuind decisiv la tripla internă obținută sezonul trecut.
Totuși, jucătorul de 29 de ani nu a fost inclus în echipa ideală, votată de selecționeri, căpitani, jurnaliști și suporteri, fiind preferați alți fotbaliști precum Cole Palmer de la Chelsea și Jude Bellingham de la Real Madrid.
"Această echipă FIFA Best XI e o glumă, chiar o glumă," a declarat Flick într-o conferință de presă, după gala de premiere de la începutul săptămânii.
"Când văd că Raphinha nu e inclus, e de necrezut."
Barcelona a fost eliminată din Champions League în semifinale de Inter Milano, Raphinha terminând competiția ca golgheter, la egalitate, cu 13 reușite, și lider la pase decisive, cu șapte.
Flick a subliniat că Raphinha a avut "cele mai bune contribuții ofensive din Champions League".
"Dacă te uiți la meciurile jucate, la câte goluri și pase decisive are, e incredibil. Mai mult, influența pe care a avut-o asupra echipei. Nu e deloc corect față de el," a continuat tehnicianul german.
"Pentru mine e o glumă, nu pot să cred că nu e în cel mai bun XI, pentru că după acest sezon chiar merita, e incredibil."
Revenirea lui Raphinha după accidentare a ajutat Barcelona să-și regăsească forma în ultimele săptămâni, după un start ezitant de sezon.
Campionii sunt lideri în La Liga și joacă duminică pe terenul celor de la Villarreal.
Barca nu va putea conta pe mijlocașul creativ Pedri Gonzalez, a explicat Flick.
"Nu e disponibil, nu sunt mulțumit de asta, dar face parte din fotbal," a spus antrenorul.
E accidentat, dar cred că la următorul meci va fi gata (cu Espanyol, pe 3 ianuarie). Poate ar putea juca, dar riscul e prea mare, iar dacă pățește ceva, va lipsi două luni."