Cele două echipe urmează să joace la Middlesbrough, sâmbătă, iar returul va avea loc pe stadionul St Mary's, marți.
"Southampton Football Club a fost acuzat de încălcarea regulamentelor EFL, iar cazul va fi trimis către o Comisie Disciplinară Independentă," a transmis EFL într-un comunicat.
"Aceasta vine după ce EFL a solicitat clubului observații, în urma unei plângeri din partea lui Middlesbrough privind presupusa filmare neautorizată pe o proprietate privată înaintea confruntării dintre cele două echipe (de sâmbătă)."
EFL a făcut referire la regulamentele care interzic cluburilor să "observe sau să încerce să observe antrenamentul altei echipe în decurs de 72 de ore înaintea unui meci programat între cele două cluburi."
Forul a precizat că, în mod normal, Southampton ar avea la dispoziție 14 zile pentru a răspunde, însă în acest caz va solicita Comisiei Disciplinare Independente să stabilească o audiere cât mai curând posibil.
Niciunul dintre cluburi nu a oferit un punct de vedere imediat.
Hull City și Millwall au disputat cealaltă primă manșă a semifinalei, vineri, scorul fiind 0-0. Returul va avea loc la Londra, luni.
Millwall a încheiat sezonul pe locul trei, Southampton pe patru, Middlesbrough pe cinci, iar Hull pe șase.
Campioana Coventry City și ocupanta locului secund, Ipswich Town, au obținut promovarea directă în Premier League.