Marquez l-a retrogradat pe Martin, plecat din pole position, pe locul secund la Motegi, după ce și-a depășit compatriotul spaniol la jumătatea cursei.
Astfel, septuplul campionul mondial s-a apropiat din nou la mică distanță de liderul campionatului, după ce pierduse teren în etapa precedentă, în Austria.
Marquez a reușit dubla, după ce câștigase și cursa sprint de sâmbătă din Japonia.
El a spus că a fost „foarte important” să obțină maximum de puncte în acest weekend.
„Cursa a fost dificilă, mai ales când eram în spatele lui Jorge, dar știam că, dacă reușesc să trec la conducere, ritmul era bun”, a declarat el.
„Jorge a încercat să atace, dar apoi am mărit ritmul și a fost suficient pentru ca ultimele două tururi să fie mai relaxate.”
Italianul Marco Bezzecchi a terminat pe locul al treilea și s-a îndepărtat și mai mult în lupta pentru titlu.
Marquez a coborât pe asfalt pentru a face câteva flotări înaintea cursei, într-o nouă rutină de încălzire.
Apoi, pilotul Ducati și-a etalat forța pe motocicletă, așteptându-și momentul în spatele lui Martin înainte de a ataca în turul 11.
Martin a spus că are „un pachet bun pentru a lupta în restul sezonului”, dar a recunoscut că Marquez a fost pilotul mai bun în acea zi.
„Cred că astăzi a fost foarte dificil să câștig”, a spus Martin.
„A fost una dintre zilele în care am pilotat aproape perfect, am fost foarte precis și foarte sigur pe mine, iar chiar și atunci nu am putut câștiga.”
A fost a șasea victorie a lui Marquez într-un Mare Premiu în acest sezon, deși a ratat cursele de la Le Mans și din Catalonia pentru a fi supus unei intervenții chirurgicale la picior și umăr.
Ziua însorită din Japonia s-a transformat într-una înnorată, iar temperaturile au scăzut considerabil cu puțin timp înaintea cursei, însă ploaia nu a venit.
Marquez nu a părut niciun moment în dificultate după ce a trecut de Martin, care, la rândul său, a părut confortabil pe locul secund.
Bezzecchi a trebuit să ducă o luptă aprigă pentru a-l ține în spate pe compatriotul italian Enea Bastianini, care a încheiat pe locul al patrulea.
Spaniolul Pedro Acosta, care obținuse în Austria prima sa victorie din MotoGP, a terminat pe locul al șaptelea.
Ai Ogura, care încerca să devină primul pilot japonez câștigător la Motegi din 2004 încoace, s-a clasat pe locul al șaselea.
Brazilianul Diogo Moreira, care terminase pe locul secund în cursa sprint, după ce Martin fusese retrogradat pe poziția a treia din cauza unei penalizări, a abandonat Marele Premiu în urma unei căzături.