Alonso, care a crescut la academia de tineret a lui Real Madrid - unde bunicul său, Marquitos, a fost o legendă - a semnat pentru Barcelona - unde tatăl său a jucat în anii 1980 - în vara anului 2022, după cea mai de succes perioadă a carierei sale la Chelsea.
Mutarea nu a fost, însă, așa cum se aștepta. În primul sezon s-a confruntat cu refuzul lui Jordi Alba de a părăsi echipa și cu apariția lui Balde în prima echipă. Chiar și așa, el a bifat 36 de apariții, în principal ca fundaș central și nu ca fundaș stânga.
Pentru acest al doilea sezon, el spera să revină pe poziția sa mai naturală, dar accidentările l-au oprit din drum, astfel că nu a mai bifat decât doar alte opt apariții.
Ultimul său meci a fost la 7 noiembrie, împotriva lui Șahtior Donețk , în Liga Campionilor. De atunci, inclusiv în urma unei intervenții chirurgicale, el nu a mai jucat, deși a fost deja pe bancă în două meciuri.
Potrivit lui Fabrizio Romano, Marcos Alonso petrece ultimele luni ca jucător al Barcelonei, deoarece contractul său nu va fi reînnoit. Aceeași soartă ar putea să o aibă și Sergi Roberto, dar totul va depinde de noul antrenor.