Bowen, cel mai bun marcator al echipei din Premier League în acest sezon, a ratat înfrângerea cu 2-0 din Germania, împreună cu eșecul cu Fulham din weekend, din cauza unei accidentări la genunchi, dar a revenit la antrenamente și este disponibil pentru a fi în primul 11.
"A fost grozav să-l văd pe Jarrod, dar nu suntem siguri în privința lui", a declarat Moyes la o conferință de presă înainte de meciul de joi.
"Niciodată nu aș risca vreun jucător dacă aș crede că are șanse de accidentare sau că nu este în regulă, bunăstarea jucătorului este cel mai important lucru.
"Dar întotdeauna îți dorești ca cei mai buni jucători să se întoarcă, evident că vreau și golgeteri, iar Jarrod a fost asta pentru noi în acest sezon. Toată lumea știe ce a făcut Jarrod pentru noi, așa că dacă se întoarce, asta ne va da nouă și publicului un mare impuls".
Moyes a spus că selecția lui Bowen va fi o decizie târzie, împreună cu mijlocașul Kalvin Phillips și portarul Alphonse Areola, care au lipsit și ei în prima manșă.
West Ham a pierdut la două goluri de final în deplasare la Leverkusen, iar Moyes este pregătit să aștepte ca echipa sa să încerce o revenire improbabilă.
"Am mers la Leverkusen și am ajuns în minutul 83 înainte ca ei să înscrie primul lor gol. S-ar putea să ne ia atât de mult timp, trebuie să avem răbdare și să jucăm până la final", a spus el.
"Nu știi niciodată cum vor decurge aceste meciuri. Am făcut o treabă bună cu ei în prima etapă, dar tot nu a fost suficient. Am încercat foarte mult săptămâna trecută și vom încerca foarte mult și mâine".
Leverkusen, care are o serie de 43 de meciuri fără înfrângere în toate competițiile în acest sezon, a câștigat duminică primul său titlu în Bundesliga.
"Este fantastic că au câștigat campionatul și ar trebui să sărbătorească așa ceva", a spus Moyes.
"Să sperăm că au băut câteva dintre acele beri mari germane".