Fanii basci au fost furioși pe decizia arbitrului care a decis eliminarea fundașului lui Athletic Daniel Vivian, pentru că l-a împiedicat pe Rasmus Hojlund, în careu.
Fernandes a transformat penalty-ul rezultat, după ce Casemiro deschisese scorul împotriva cursului jocului în prima manșă a semifinalei.
Portughezul Fernandes a marcat și al treilea gol înainte de pauză, iar echipa lui Ruben Amorim s-a apropiat și mai mult de finală, care va avea loc chiar pe stadionul San Mames al lui Athletic.
Gazdele visau să câștige primul trofeu european pe propriul lor teritoriu, însă speranțele lor au fost aproape în întregime spulberate de jocul de zile mari al lui United în nordul Spaniei, chiar dacă suporterii lui Athletic au contestat arbitrajul.
Aflată pe locul 14 în Premier League, calificarea în Liga Campionilor pentru United este posibilă doar cu un triumf în Europa League, la fel ca și accesul la borcanul de miere de 100 de milioane de lire sterline pe care îl implică.
În ciuda faptului că s-au prăbușit în mod regulat sub presiune în acest sezon, Diavolii Roșii - care au reușit o revenire uimitoare împotriva Lyonului în sferturile de finală - au supraviețuit încă o dată.
Antrenorul lui United, Ruben Amorim, și-a avertizat echipa că "trebuie să fie pregătită" atunci când va înfrunta Athletic Bilbao în returul de pe Old Trafford săptămâna viitoare.
"Rezultatul este foarte bun, dar trebuie să înțelegem că nu e suficient", a declarat el pentru TNT Sports.
"Ne-am zbătut mult la început, iar eliminarea a schimbat jocul. Orice meci se poate schimba după o singură situație. Am avut ocazia să mai înscriem un gol. Această calificare nu e jucată. Și ei pot face la fel pe Old Trafford.
"Sunt foarte puternici. Trebuie să fim pregătiți. Manuel Ugarte, cu multă experiență, a fost un pic nervos, Patrick (Dorgu) a fost nervos. Jucători precum Casemiro, Harry Maguire, Bruno Fernandes ajută foarte mult.
"Bineînțeles că avem un avantaj. Avem fanii noștri, dar din nou acest lucru se poate schimba. Orice se poate întâmpla într-un singur meci, a mai spus Amorim.