Înfrângerea înseamnă că Newcastle va trebui să lupte serios pentru a-și asigura un loc în primele două din Grupa F, deși englezii stau încă bine, cu patru puncte din trei meciuri, la fel ca Dortmund.
Dar și mai îngrijorătoare pentru Howe au fost accidentările atacanților Alexander Isak și Jacob Murphy.
Suedezul Isak a rezistat doar 15 minute înainte de a fi înlocuit de Callum Wilson, iar mai târziu Murphy însuși a stat doar câteva minute pe teren înainte de a se accidenta la rândul său la umăr.
Având în vedere că meciurile viitoare se apropie cu pași repezi, Howe a spus că echipa sa ar putea avea mari probleme.
"Isak care a ieșit a fost o lovitură pentru noi, dar pentru Jacob pare a fi chiar o accidentare gravă", a spus Howe.
"Suntem o echipă mică, cu puține variante. Acesta este probabil cel mai dezamăgitor lucru din această seară.
"Se pare că este o recidivă a problemei sale (a lui Isak) la inghinali și este o problemă mare. Iar Jacob pare mai grav, posibil o dislocare a umărului."
Howe a confirmat, de asemenea, că mijlocașul Elliot Anderson a ratat meciul din cauza unei accidentări.
"El are o problemă la spate, așa că cred că va lipsi câteva săptămâni", a spus el.
Newcastle înfruntă sâmbătă, în Premier League, pe Wolverhampton Wanderers, în deplasare.