Fundaşul are peste 50 de prezențe în liga a doua germană şi peste 40 de meciuri în prima ligă elvețiană.
Van der Werff şi-a început cariera la FC St. Gallen, club pentru care a debutat în prima ligă elvețiană în sezonul 2017/2018. Potențialul său a fost observat rapid de RB Salzburg, una dintre cele mai titrate echipe din Austria. A fost transferat de formația austriacă la începutul stagiunii 2018/2019 în schimbul a 800.000 de euro, câştigând campionatul Austriei şi Cupa Austriei chiar la sezonul de debut.
La jumătatea sezonului 2019/2020, el a revenit în Elveția la FC Basel, formație din prima ligă la care a jucat constant timp de un sezon şi jumătate. În total, acesta a strâns 43 de prezențe pentru echipa din Basel în toate competițiile marcând un gol.
FC Paderborn a fost următoarea provocare a carierei pentru Jasper van der Werff. Fundaşul central a fost transferat de formația din Zweite Bundesliga la începutul sezonului 2021/2022. A strâns în total 37 de prezențe în două sezoane pentru FC Paderborn. În ultimul sezon, fundaşul central a îmbrăcat tricoul celor de la FC Hansa Rostock, unde a jucat în 23 de partide şi a marcat două goluri.
Elvețianul a făcut parte din lotul naționalei țării sale la Campionatul European U21 din urmă cu trei ani, jucând în faza grupelor împotriva Croației şi a Portugaliei.