Cei doi au fost implicați săptămâna aceasta în meciurile de calificare pentru Cupa Mondială din America de Sud, iar Flick a declarat că este mai bine pentru ei să se recupereze după jocuri și după călătoria de întoarcere în Spania.
Barcelona a făcut apel fără succes la decizia de a juca meciul cu Osasuna în această săptămână, după ce inițial a fost amânat pe 8 martie, când unul dintre medicii clubului catalan a murit.
"Ei nu vor juca, nu sunt în echipă, au un zbor lung și nu este cea mai bună opțiune, pentru că trebuie să se recupereze", a declarat Flick miercuri într-o conferință de presă.
Raphinha a fost titular în meciul în care Brazilia a fost zdrobită cu 4-1 de rivala Argentina, în timp ce Araujo a fost pe bancă pentru Uruguay în remiza fără goluri cu Bolivia.
Flick a declarat că a fost supărat de programarea meciului, precum și de o altă confruntare de campionat cu Leganes sâmbătă, 12 aprilie, înainte de meciul retur din sferturile de finală ale Ligii Campionilor cu Borussia Dortmund, marți, 15 aprilie.
"Când jucăm în deplasare, întotdeauna la nouă, ajungem târziu înapoi în noapte, este vorba de recuperarea jucătorilor", a spus Flick.
"Nu sunt mulțumit de acest lucru. Când vezi alte campionate cu echipe din Liga Campionilor, este diferit față de aici."
Flick a spus că, în ciuda programării meciului cu Osasuna, echipa sa va fi încă capabilă să obțină trei puncte pentru a-și extinde avansul în fruntea La Liga.
"Întotdeauna fără scuze, mergem pentru asta", a spus Flick.
"Mâine vom merge pentru victorie, cred că avem mare, mare calitate în această echipă.
"Putem câștiga împotriva tuturor, chiar dacă unii jucători nu sunt în echipă... privim înainte și suntem pozitivi".
Flick a declarat că fundașul Inigo Martinez va începe în ciuda renunțării la echipa națională spaniolă, în timp ce Pau Cubarsi, care s-a accidentat în timpul serviciului internațional cu La Roja, este apt pentru a sta pe bancă.